Boğaz reflüsü oluşumu midede başlamaktadır. Mide ve yemek borusunda oluşan yanık hissi boğazda yanmaları başlatmaktadır. Boğaz reflüsü gırtlak kısmının tahriş olması ile can acıtır bir durum oluşturabilmektedir. Genetik ya da daha sonradan oluşan rahatsızlıklardan biridir.